1949年5月2日，南浔解放，今南浔辖区隶属吴兴县。 1981年1月，撤消吴兴县，改称湖州市。1983年7月，撤消嘉兴地区，湖州市改为省辖市，建立城、郊两区，南浔隶属湖州市郊区。1988年11月，撤消湖州市城、郊区建制，实行市管县又直接领导原城、郊区所属乡镇、街道的体制，南浔辖区各镇直属湖州市。1993年9月，湖州市区下设城区、南浔区、菱湖区3个区工委。今辖区内南浔镇、练市镇、双林镇、善琏镇、旧馆镇属南浔区；菱湖镇、和孚镇、千金镇、石淙镇属菱湖区。2003年1月，根据国务院(国函(2003)2号)和省政府(浙政发(2003)2号)文件精神，湖州市撤消城区、南浔区、菱湖区三个区委、区管委会，设立吴兴区、南浔区两个市辖区。南浔区委、区政府驻南浔镇，辖南浔、双林、练市、善琏、旧馆、菱湖、和孚、千金、石淙9个镇和南浔经济开发区。